三峽工程正由建設期向運行期過渡，三峽水庫各種資源開發利用活動日趨頻繁，有關水庫管理的問題逐漸增多。為加強三峽水庫管理，水利部制定了《三峽水庫調度和庫區水資源與河道管理辦法》，用于汛期的防洪調度以及汛前消落期、汛后蓄水期和枯水運用期的水量調度，三峽水利樞紐工程管理和安全運行的監督，三峽庫區水資源和河道的管理以及水行政監督檢查等。
該辦法規定，長江水利委員會按照法律、行政法規規定和水利部的授權，負責三峽水庫水量的統一調度和庫區水資源與河道管理工作。重慶市、湖北省縣級以上地方人民政府水行政主管部門按照規定的權限，負責本行政區域內三峽庫區水資源和河道管理工作。
三峽水庫的防洪調度，服從國家防汛抗旱指揮機構和長江防汛抗旱指揮機構的調度指揮和監督管理。年度汛期調度運用計劃，應經長江防汛抗旱指揮機構審查同意后，報國家防汛抗旱指揮機構批準。三峽水利樞紐管理單位具體負責三峽水庫防洪調度的實施。三峽水庫的發電與航運調度應當服從防洪調度。
三峽水庫的水量分配與調度，應當首先滿足城鄉居民生活用水，并兼顧農業、工業、生態與環境用水以及航運等需要，注意維持三峽庫區及下游河段的合理水位和流量，維護水體的自然凈化能力。
直接從三峽庫區取用水資源的，應向有關縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者長江水利委員會申請領取取水許可證，繳納水資源費。三峽庫區水資源保護規劃由水利部組織編制，報國務院批準。
在三峽水庫管理和保護范圍內禁止從事下列活動：圍墾庫區；傾倒垃圾、渣土；在25度以上陡坡地開墾種植農作物；棄置、堆放阻礙行洪的物體；種植阻礙行洪的林木和高稈作物；其他可能危害水庫安全的行為。
