三峽工程正由建設(shè)期向運行期過渡，三峽水庫各種資源開發(fā)利用活動日趨頻繁，有關(guān)水庫管理的問題逐漸增多。為加強三峽水庫管理，水利部制定了《三峽水庫調(diào)度和庫區(qū)水資源與河道管理辦法》，用于汛期的防洪調(diào)度以及汛前消落期、汛后蓄水期和枯水運用期的水量調(diào)度，三峽水利樞紐工程管理和安全運行的監(jiān)督，三峽庫區(qū)水資源和河道的管理以及水行政監(jiān)督檢查等。
該辦法規(guī)定，長江水利委員會按照法律、行政法規(guī)規(guī)定和水利部的授權(quán)，負(fù)責(zé)三峽水庫水量的統(tǒng)一調(diào)度和庫區(qū)水資源與河道管理工作。重慶市、湖北省縣級以上地方人民政府水行政主管部門按照規(guī)定的權(quán)限，負(fù)責(zé)本行政區(qū)域內(nèi)三峽庫區(qū)水資源和河道管理工作。
三峽水庫的防洪調(diào)度，服從國家防汛抗旱指揮機(jī)構(gòu)和長江防汛抗旱指揮機(jī)構(gòu)的調(diào)度指揮和監(jiān)督管理。年度汛期調(diào)度運用計劃，應(yīng)經(jīng)長江防汛抗旱指揮機(jī)構(gòu)審查同意后，報國家防汛抗旱指揮機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)。三峽水利樞紐管理單位具體負(fù)責(zé)三峽水庫防洪調(diào)度的實施。三峽水庫的發(fā)電與航運調(diào)度應(yīng)當(dāng)服從防洪調(diào)度。
三峽水庫的水量分配與調(diào)度，應(yīng)當(dāng)首先滿足城鄉(xiāng)居民生活用水，并兼顧農(nóng)業(yè)、工業(yè)、生態(tài)與環(huán)境用水以及航運等需要，注意維持三峽庫區(qū)及下游河段的合理水位和流量，維護(hù)水體的自然凈化能力。
直接從三峽庫區(qū)取用水資源的，應(yīng)向有關(guān)縣級以上地方人民政府水行政主管部門或者長江水利委員會申請領(lǐng)取取水許可證，繳納水資源費。三峽庫區(qū)水資源保護(hù)規(guī)劃由水利部組織編制，報國務(wù)院批準(zhǔn)。
在三峽水庫管理和保護(hù)范圍內(nèi)禁止從事下列活動：圍墾庫區(qū)；傾倒垃圾、渣土；在25度以上陡坡地開墾種植農(nóng)作物；棄置、堆放阻礙行洪的物體；種植阻礙行洪的林木和高稈作物；其他可能危害水庫安全的行為。
