據報告顯示，由粵港澳政府共同出資成立運營管理公司“大橋管理局”，主要承擔大橋招標、設計、建設和運營管理等具體工作。參與報告的消息人士透露，大橋運營期間耗費支出非常大，主要包括運營管理公司的管理費用、大橋的日常護理費以及大修費三大部分。
其中，參考粵港澳現有高速公路運營公司等管理成本，報告測算“大橋管理局”需設置包括管理、生產、后勤等職位約二百一十人，年均工資及福利花費達一千七百五十萬元；而公司綜合事務費將囊括辦公、會務、年審、水電、監測等支出，每年約花費一千九百五十萬元。
十年需大修一次
而鑒于大橋規模較大、投資費用較高及相比公路護理更為復雜，大橋的日常護理費囊括機電系統、橋梁及海底隧道等龐大支出，其中測算僅橋隧主體工程全線用電量高達二萬千瓦，按機電設備日常只開啟七成計算，每年約需電費達九千五百萬元；而預計橋梁護理費用單價較香港快速道路每公里五十六萬港元還昂貴，每公里達六十萬元；而海底隧道運營維護費則要按照隧道設施總投資的一成考慮。因此，僅大橋橋梁及隧道的每年日常護理費共超過五千萬元。
消息人士稱，按照橋梁及隧道的配套設施設計使用壽命，大橋將每十年要進行一次大修，其中橋梁大修內容包括路面罩面、換拉索、橋柱防撞及防腐等，而隧道則包括通風、照明等設備全部更換及隧道路面的翻新，測算每次大修費用共需五億九千七百萬元，這意味著每年要籌備大修費達五千九百七十萬元。
每年料增百分之二
按目前已敲定的大橋主體融資安排，大橋主體工程采用“政府全額出資本金，資本金以外部分由港粵澳三方共同組建的項目管理機構通過貸款解決”方式；而據目前的財務評價研究結論，估計大橋建設營運三十四年半后可還清貸款。消息人士說，按內地《收費公路管理條例》規定，收費公路在還清貸款后必須終止收費，但大橋日常運營成本巨大，而且每年費用增長百分之二，預算年均運營成本將由初期的約四億六千萬元，到還清貸款時增至近五億八千萬元。
“因此，收費還貸期限屆滿后，運營費用如何解決將成為大橋項目面臨的最主要難題。”消息人士表示，報告提出，若由粵港澳三方政府直接承擔，將無疑會增加政府的財政壓力。而考慮到大橋跨三地的特殊性，參考香港和國外類似項目的運作模式，建議中央特批大橋可繼續收費，但收費標準將大大降低，以項目收費收入與項目營運支出基本平衡為目標。
