三峽工程175米試驗性蓄水后，庫區水質安全引起了各級各部門的高度重視，根據日前云陽縣對長江干流及其境內4條支流的回水和庫區集中式引用水源地6次水質加密監測顯示，目前長江水質保持穩定，4條支流的水質有所提高。
為確保長江水環境安全，庫區各區縣紛紛采取了加大對各長江干支流水質的監測力度，通過云陽縣對長江流速、藍綠藻、葉綠素A、濁度等8個指標進行抽樣監測，長江水質與蓄水前基本持平，保持在二類。4條次級河流水質比蓄水前要好，特別是藍綠藻、葉綠素A、濁度明顯下降，庫區集中式飲用水源地均能滿足水域功能要求。
