在水利工程項目的管理環節，因為薪酬不能落實，在利益的作用下，很多單位的內部管理毫無章法，沒有將職責落實到人頭，因為對申報項目顧及的不夠全面等因素，所以造成很多建設項目在開展時費用不夠。而水利工程項目管理系統的監察力度也普遍偏低，再遇到一些問題時主要體現為不能及時、有效的處理問題，從而造成較為嚴重的后果。雖然一些單位構建了管理系統，不過實際效果較小。
同時又因水利工程的規劃與監理工作是通過縣級以上的系統予以管理的，而這樣的系統平時事物繁雜，所以不能有效的管理基層水利工作，這就造成基層水利人員在心理上出現惰性，這也是導致水利工程技術進展緩慢的一個因素，還有就是基層水利系統管理面小，且級別不高，直接針對農村，所以不只是進行行政管理，其主要的工作內容還包括了技術服務、監理、施工以及監督等，而基層水利系統相應的經驗是較為匱乏的。
一般來說水利工程項目質量的監測以及監督，是水利工程項目建設過程十分重要的一個步驟，監測的情況，從根本影響著水利程項目建設的質量。不過就當下的情況來分析，監測部門相關人員的技術知識普遍偏低，檢測工作者專業能力亟待加強，這也是水利工程項目的一個主要問題。同時有一些水利行業的監測活動都是通過其他的監測行業去實施的，一般不能根據水利行業的硬性指標以及規范去實施監測。而且我國對于水利工程項目的投入不多，且對監測沒有予以必要的重視，因此造成監測設施落后。
