1.對水資源的開發無節制
農業水利工程項目自然涉及到對水資源的開發與利用，這就面臨著一個很重要的問題，那就是無節制地開發水資源。水是生命之源，水資源是人類生存與發展不可或缺的重要自然資源，某種程度上說，水資源被過分開發后是無法在短時間內獲得再生的，至少要幾十年甚或幾百年的時間。人類的很多農業水利工程項目都在無形中破壞了水資源本身的生態平衡，因為水資源在自然界中存在一定的循環以保持一種自然狀態的平衡，比如地下水滲入、水汽的蒸發，還有湖泊洼地等，雖然看起來是不起眼的，但都與周圍的生態環境密切相關，在對周圍生態系統產生重要影響。一旦它們的存在狀態被改變，將會導致一系列連鎖的后果。有些地區為了灌溉用水往往修建排水渠等水利項目，將近邊的小河或是湖泊的水引入農田，干旱時人們對水量的需求是非常大的，于是開始為了自身利益無節制引用水資源，導致了很多河水與湖泊出現了干涸，原本豐美的草原變成了沙地，不僅造成了沙塵暴的肆虐，也給北方地區人們的生活造成了不良影響。
2.土地鹽堿化問題
除了對水資源的過分開發與利用之外，土地鹽堿化也是很多農業水利工程所導致的突出問題。這是由于一些工程項目在修建時對地址結構的考察不到位，對于工程位置的選擇不夠科學、合理，就很容易導致庫岸的大面積崩塌，一旦誘發地震，就可能導致地下水位的上升，久而久之，土地鹽堿化問題就形成了。土壤鹽堿化以后，明顯表現就是土壤板結和肥力下降，多數作物在鹽堿地上是無法正常生長的，久而久之會對農業發展造成十分不良的影響。
3.對生物繁殖的破壞
以三峽水利工程來說，水庫的用途是多方面的，農業用途只是其中的一個內容，此外還可以用于發電、治理水患等，三峽水利工程給人們帶來的利益是顯而易見的，但與此同時，它也導致了一些問題的出現，很典型的一例就是對一些水生生物的生存造成了不可挽回的影響。現在調查已經表明的一些受到嚴重影響的生物就包括白鱘、白鰭豚、長江鱘、中華鱘。胭脂魚與江豚等[1].三峽大壩的存在掐斷了魚類回到上游產卵的通道，很多魚兒的生活習性就是要回到上游的出生地才會繁衍生殖，如此一來，不僅每年都有很多魚類為了產卵撞亡在大壩上，更嚴重的是魚兒的數量在急劇減少，白鰭豚甚至因此而滅絕，成為人類永遠的遺憾，這也是人類的水利工程給生態系統造成巨大破壞的典型案例。
4.環境污染
粗放型施工會給環境造成污染，這不僅是農業水利工程項目容易出現的問題也是所有工程項目所具有的通病。問題就在于很多不是很專業的施工隊伍往往也能夠參與到具體的建設環節，“一包”、“二包”甚至“三包”、“四包”的工程轉包使很多良莠不齊的施工隊伍最終成了工程的主要建設者，不僅施工技術質量得不到保障，更嚴重的是建設者為了追求更高的利益在工程用料的采購上也可能會偷工減料，以次充好，不僅給工程帶來了嚴重的質量隱患，而且也給環境造成了一定的污染。
5.對社會環境造成影響
水利工程項目不僅會對自然環境造成破壞也容易對社會環境造成影響。具體表現在移民問題與耕地補償上，施工時，_旦涉及到這兩個問題，需要做的工作是系列式的，不僅需要對相關的民眾進行妥善的安置，還要耕地的占用做出合理的補償，并做好溝通協調工作等。然而事實上處理的方式往往并不得當，一旦安排不當，會導致很多社會問題的出現。
