一，水利工程建設導致氣候環境差異性擴大，氣溫升高
水利工程建設對于降雨量、氣溫、大氣、風力、霧氣等氣候環境的影響是十分顯著的。主要原因是水庫大壩等水利工程擴展建設，使得原本的水資源系統發生改變，河流水、地表水、地下水等水系統因為人為作用聚集或分散，造成局部水因子聚集量超標或驟減，產生水量失衡，破壞了原有的氣候環境。
首先，例如在水庫大壩灌溉工程分布密集的地區，因為水分子集中在水庫上空，造成水庫區域內濕度高，蒸發量也會有所增加，減少了庫區降雨量，城市地區則會相對增加降雨量，并且由于降雨量的增加，再加上城市廢氣污染嚴重極易導致城市地區出現霧霾天氣，影響人們生活的同時更加有害人類的身體健康。
其次，由于水庫等水利工程的建設是將大量水資源引入到人工開鑿的地面區域內，這樣的工程模式改變了水量平衡，讓原本的陸地聚集了大量水源影響空氣內部結構，造成氣溫年平均值呈上升趨勢，加快溫室效應程度，導致氣溫持續升高。
二，水利工程建設影響河流水位，破壞水文環境平衡
河流是陸地水資源的主要組成部分，也是水利工程重點控制調節的關鍵內容，水利工程建設對于河流的治理與規劃改變了人類的生活，加強了城市建設，保證了人們的能源需求，其中水力發電這一重要措施大大滿足了生產生活用電需求，使水利工程建設成為了解決民生問題的重大發展性課題，然而水利工程在供應人力所需的同時對于水文的影響也是最直接的。
主要表現在建造水庫大壩灌溉發電等水利工程時打破了水勢結構、河流流量、水資源分布等原有平衡格局，為了滿足發電、灌溉等要求所使用的節流泄洪等手段導致水位出現不合理管控，上下游植被、水量、生態都受到嚴重影響，破壞了生態環境也造成了水質的大面積污染，最終影響人們的日常生活。
三，水利工程建設影響地殼承受力，引發地質災害
水利工程建設的主要內容是控制與利用地下水與陸地水，雖然針對的是水資源體系的治理，但其影響是多方面的，其中一項就是往往被人們所忽視的關于對陸地環境的影響。陸地因水利工程建設產生的影響不被人們所重視的原因是其影響過于深遠，水利工程建設中水量大量聚集導致地殼壓力過大，影響板塊平衡，形成地震等地質災害。除了對深層次地殼的影外，對于地表土壤也存在著一定的破壞，水利工程建設過程中節流蓄水改變水量等措施導致水庫下游農田土地的土壤養分流失嚴重，大面積土壤活性降低成為鹽堿漬地，不利于植被、農作物等生長，降低農業生產率的同時對生態環境也有較大影響。
